W wyroku WSA z 23 listopada 2005 r., sygn. akt III SA/Wa 2564/05,
sąd przypomniał, że zaświadczenie o niezaleganiu w podatkach (lub odmowa wydania zaświadczenia) nie przesądza o istnieniu zobowiązania podatkowego. Potwierdza jedynie stan wiedzy wynikającej z dokumentacji, jaką posiada organ, który wydaje zaświadczenie (niepublikowany).
Organ podatkowy ma obowiązek wydawać zaświadczenia na żądanie podatników. Jeżeli jednak z informacji uzyskanych w toku postępowania wyjaśniającego wynika, że części danych nie można potwierdzić, nie może wydać zaświadczenia częściowego.