W protokole kończącym kontrolę skarbową nie może być oceny prawnej ustaleń. Urzędnicy poprzestają na suchym opisie dokumentów. Często sam opis danego dokumentu nie wskazuje automatycznie, jaka jest jego kwalifikacja podatkowa. Zdaniem doradców podatkowych obecna regulacja ogranicza prawo kontolowanego do obrony. Pozostaje mu odwołanie od decyzji, chociaż już na wcześniejszym etapie postępowania mógł wskazać dowody przemawiające na jego korzyść.